Разрешите уточнить. Вы имеете ввиду, что счета создаются вашим поставщиком в Excel, присылются Вам (т.е. для Вас это входящие документы), а Вы хотите импортировать их в свою бухгалтерскую программу?
Если это так, то всё зависит от того, умеет ли ваша бухгалтерская программа импортировать счета хоть в какой-нибудь форме:
1) Если она в принципе не умеет импортировать никакие счета, то нужно обращаться к разработчику вашей програмы, чтобы он добавил эту возможность
2) Если она умеет импортировать документы хоть в в какой-то форме, то вопрос решаем.
Я смогу предложить Вам конвертер, который будет конвертировать разнообразные по форме и формату документы в единую форму, соответсвующую той, что умеет импортировать ваша программа.

Исключение составляют документы, полученные путём сканирования бумажных копий. Для таких документов многое зависит от качества скана.

Вот написала же, что Исходящие счета! Эх, программисты, читают то, что им удобнее

Маргарит, спасибо, так и думала.

Т.е. в Вашей организации работники выписывают клиентам счета, используя Excel, а вам потом нужно их импортировать в вашу бухгалтерскую программу, так?

Да

Вы можете подсказать, Ваша программа умеет импортировать счета в каком-либо формате?
Если да, то в каком именно?

Надо узнать.

Узнайте, пожалуйста.
В случае, если программа использует свой собственный формат для импорта данных, то узнайте также,
есть ли описание этого формата.