Katram uzņēmumam ir jāiesniedz VID atskaites par visu uzņēmumu kopumā, katru mēnesi.

А как это предполагается реально реализовать. Все равно будет человек, который будет сводить годовой отчет. Он все будет знать о филиалах. И все равно ему придется налоговые отчеты сверять. Так какая разница, узнает он о филиалах в конце года или будет знать каждый месяц.

Или после годового отчета этого человека предполагается расстрелять?

Можно зарегистрировать по фирме в каждом фмлиале. И вести все раздельно, а потом пусть начальник сам балансы для себя консолидирует.